A primeira coisa que você pode fazer para manter o computador seguro é garantir que os pacotes sejam atualizados regularmente. Eu habilitaria atualizações totalmente automáticas (https://help.ubuntu.com/community/AutomaticSecurityUpdates), contanto que o potencial para um estouro do uso da rede enquanto conectado ao desonesto WiFi do hotel não seja um problema grave.
Depois disso, acho que o único grande problema é o VNC. Se o servidor VNC estiver sendo executado constantemente, provavelmente será o maior problema de segurança potencial no sistema (o SSH é semelhante no escopo, mas é considerado mais seguro por padrão). Se você precisa do VNC instalado e precisa estar rodando o tempo todo, então provavelmente não há nada que você possa fazer - ele está funcionando ou não, e não há muito o que fazer para proteger um processo que tenha controle sobre a entrada. / saída como o VNC faz. Mas se você não precisa estar ligado o tempo todo, basta desativá-lo. Você pode iniciá-lo manualmente via SSH se precisar.
Desde que seus pacotes estejam atualizados, não me preocupo com navegação na web, pendrives, malware ou vulnerabilidades de SSH. Os desktops / notebooks Linux não são um alvo comum para eles, e o Ubuntu é bastante bem protegido pelo design. Mesmo se você não fizer nada de especial para proteger contra essas vulnerabilidades, um sistema Ubuntu será menos provável de ser comprometido do que uma máquina Windows executando software de segurança razoavelmente bom.
O Skype não é necessariamente seguro, mas não é executado com privilégios elevados e não há muito o que fazer para protegê-lo, dado o estado da versão linux do Skype. Esteja ciente de que o Skype para Linux não é muito estável ou cheio de recursos e não foi trabalhado por um longo tempo. Dito isto, eu o uso para fins comerciais o tempo todo e depois que me acostumei com suas peculiaridades, era adequado.