tl; dr : nos sistemas atuais sudo timedatectl set-local-rtc 1 é o caminho correto.
Você foi pego por uma mudança na maneira como o tempo é configurado no Ubuntu. A edição de /etc/default/rcS foi como funcionou antes systemd como o sistema init. ( initd ou upstart foram usados então).
Em qualquer caso, ao editar um arquivo abaixo de /etc , você define como o sistema age após a próxima inicialização. Para ter a configuração efetiva imediatamente, você quase sempre tem que dar um comando adicional (recarregar um daemon / serviço ou falar com o kenel ou ...)
Assim, a partir de 15.04, a configuração em /etc/default/rcS é provavelmente totalmente ignorada. Veja NTP no Guia do servidor Ubuntu, enquanto UbuntuTime no communit WiKi está um pouco desatualizado e só menciona timedatectl bem abaixo.