Então resolvi o problema. Primeiro eu corri:
sudo update-alternatives --config default.plymouth
E selecionado
/usr/share/plymouth/themes/ubuntu-logo/ubuntu-logo.plymouth 100 manual mode
E funcionou bem.
Para resolver as inconsistências do tema, eu corri:
sudo apt-get purge numix*
Removendo o tema gtk e o tema-de-ícones, reiniciou, adicionou novamente o PPA do Numix e instalou o tema, foi para a ferramenta Unity Tweak, selecionou Numix e ficou tudo bem.