Em 16.04, o caminho de Plymouth foi alterado.
Você precisa editar o arquivo /etc/alternatives/default.plymouth
.
Sob a legenda do script, verifique se o diretório é exatamente assim:
ImageDir=/usr/share/plymouth/themes/YOUR_PLYMOUTH_NAME/
ScriptFile=/usr/share/plymouth/themes/YOUR_PLYMOUTH_NAME/YOUR_PLYMOUTH_NAME.script