Veja como você associa aplicativos nativos ao vinho:
Do Wine Perguntas frequentes
Você pode associar winebrowser com qualquer tipo de arquivo para obter o resultado. O programa winebrowser usa xdg-open para encontrar o aplicativo nativo para um tipo de arquivo.
Você precisa criar um arquivo de registro com esses conteúdos para associar .pdf files. Salve como import.reg em sua pasta pessoal.
[HKEY_CLASSES_ROOT\.pdf]
@="PDFfile"
"Content Type"="application/pdf"
[HKEY_CLASSES_ROOT\PDFfile\Shell\Open\command]
@="winebrowser \"%1\""
Agora importe o arquivo de registro usando este comando
regedit $HOME/pdf.reg
Isso abrirá arquivos pdf de aplicativos Wine com o aplicativo nativo que é definido como padrão para um arquivo pdf.