o problema foi causado pelas configurações de desentrelaçamento. Agora estou usando o modo de desentrelaçamento yadif.
Meu problema começou depois que eu atualizei do Ubuntu 14.04 para 16.04. Eu costumava ver vídeos na vlc e não tinha problemas com vídeos piscando. Coisas que eu tentei: reinstalando vlc mudando a saída de vídeo comutação de saída de vídeo acelerada (overlay) comutação de quadros atrasados, skip frames, synchro silencioso, saída de vídeo de sobreposição filtro de vídeo antiflickering.
O Totem, no entanto, reproduz todos os vídeos sem falhas.
o problema foi causado pelas configurações de desentrelaçamento. Agora estou usando o modo de desentrelaçamento yadif.