O Ubuntu 16.04 teve muitos problemas com GPUs externas (nVidia ou ATI) e com os estados de energia Intel da 6ª geração de processadores Intel. Eu tenho seu mesmo problema e instalar o kernel Linux 4.6 (ao invés de 4.4) Eu tenho resolvido meu problema.
Digite estes comandos no seu terminal (para PCs de 64 bits):
cd /tmp/
wget http://kernel.ubuntu.com/~kernel-ppa/mainline/v4.6-yakkety/linux-headers-4.6.0-040600_4.6.0-040600.201606100558_all.deb
wget http://kernel.ubuntu.com/~kernel-ppa/mainline/v4.6-yakkety/linux-headers-4.6.0-040600-generic_4.6.0-040600.201606100558_amd64.deb
wget http://kernel.ubuntu.com/~kernel-ppa/mainline/v4.6-yakkety/linux-image-4.6.0-040600-generic_4.6.0-040600.201606100558_amd64.deb
sudo dpkg -i *.deb