Dê uma olhada no diretório pessoal do usuário para arquivos de configuração.
Ex: "/home/nome_usuário/.config/menus/xfce-applications.menu"
Acabei de ter algum problema e corrigi-lo copiando o arquivo padrão e, em seguida, modificar em um editor de texto o arquivo xml.
Faça um backup do seu arquivo xfce-applications.menu atual e, em seguida, de um terminal:
(substitua seu nome de usuário)
cp /etc/xdg/xdg-ubuntustudio/menus/xfce-applications.menu /home/yourusername/.config/menus/