Oi eu também estou tendo o mesmo problema com a minha NVIDIA Geforce 940M. No entanto o meu está no meu laptop.
mylaptop@laptop:~$ lspci -k | grep -EA2 'VGA|3D'
00:02.0 VGA compatible controller: Intel Corporation Broadwell-U Integrated Graphics (rev 09)
DeviceName: Onboard IGD
Subsystem: Pegatron Broadwell-U Integrated Graphics
--
04:00.0 3D controller: NVIDIA Corporation GM108M [GeForce 940M] (rev a2)
Subsystem: Pegatron GM108M [Geforce 940M]
Kernel driver in use: nvidia
Quando eu corro:
mylaptop@laptop:~$ prime-select query
nvidia
Estou executando o Ubuntu 16.04 de 64 bits.
Você conseguiu corrigir seu problema?