Primeiro de tudo, você sabe exatamente como o vírus entrou no seu pc? Você abriu um e-mail ou talvez use um crack para algum programa que baixou da internet? Este programa crackeado talvez fosse o Internet Download Manager? Se de alguma forma o vírus foi executado dentro do vinho, é muito possível que tenha causado algum dano, o que provavelmente ocorrerá apenas dentro da sua instalação de vinhos.
Se o programa que você está executando for algum arquivo suspeito (por exemplo, se for um download baixado da Internet), é possível que esse programa seja o vírus de que você está falando. Como alguém já mencionou nos comentários, existem alternativas para esses programas, que não exigem que o vinho seja executado. Por enquanto, você deve considerar o uso deles. Por que você usou o Internet Download Manager em primeiro lugar, ele fornece quaisquer funções que outros gerenciadores de downloads (gratuitos) como o JDownloader ou o gWget não fornecem? (Estou pedindo para que possamos fornecer sugestões de alternativas do Linux que fornecem a mesma funcionalidade)
Você também deve considerar a instalação do clamAV, que é um antivírus para Linux. Ele permitirá que você escaneie sua partição de dados e remova todos os arquivos infectados. Caso contrário, sempre que você copiar seus dados para outra máquina com Windows, você também estará arriscando a infectar essa máquina! Você pode olhar para esta questão para mais informações sobre o clamAV.