Eu usei o Trickle que é um shaper de largura de banda leve.
Funciona definindo os parâmetros de upload e download do aplicativo que você deseja limitar. Não sei se isso pode ajudá-lo com a limitação de portas específica, mas acredito que, ao usá-lo com um aplicativo, ele funcionará de acordo com a sua necessidade.
Instalação
sudo apt-get install trickle
Uso básico
trickle -d download-bandwidth -u upload-bandwidth command
Exemplo de uso
trickle -d 25 -u 15 firefox