Como você diz que pode usar pm-hibernate sem nenhum problema, isso significa que não há problema em sua configuração de hibernação. Portanto, o problema deve estar nas configurações do botão de menu. Novamente, você mencionou que está seguindo a mesma configuração que foi prescrita aqui .
De acordo com o meu entendimento, e com relação ao fato de que você está lidando com isso logo após a atualização para o Ubuntu 15.10, acho que seu sistema precisa de uma nova configuração para o botão. Siga estas etapas:
Remova o conteúdo de /etc/polkit-1/localauthority/50-local.d/com.ubuntu.enable-hibernate.pkla e reinicie seu sistema. Agora, qualquer configuração para o botão de hibernação deve ser removida do sistema.
Após a inicialização, abra o arquivo novamente e cole as poucas linhas mencionadas no link no arquivo e salve. Reinicie seu sistema novamente.
Se tudo correr bem, o botão deve estar configurado para o Ubuntu 15.10