Eu nunca descobri por que as pastas não estavam sendo ignoradas corretamente. No entanto, voltei e escolhi seletivamente quais pastas fazer backup, em vez de selecionar quais pastas ignorar. Em outras palavras, eu configurei uma lista de permissões para backup em vez de uma lista negra para ignorar.
Esta não é realmente uma resposta, mas um trabalho em torno disso faz o trabalho.