Eu segui o conselho do shvahabi aqui Como posso fazer "rc .local "executado na inicialização? . Estou criando um arquivo /etc/rc.local personalizado e incluindo-o em um deb customizado que será colocado no ISO e instalado no momento da instalação. O arquivo rc.local simplesmente tem uma linha adicionada que executa um script que eu fiz para alcançar as várias coisas que fiz acima.
Eu também coloquei o script que fará todo o trabalho no pacote deb customizado, assim ele será colocado no sistema também.
Coisas como chaves ssh também serão colocadas neste pacote deb custom e simplesmente colocadas no sistema de arquivos no momento da instalação.