Você pode usar o controle alternativo de janelas.
Vá para Centro de Controle -MATE Tweak - Windows - Aparencia .
Mude de Direita Tradicional para Esquerda Contemporânea.
Se você quiser apenas remover o botão de menu mantendo o layout tradicional direito:
1) Abra o editor do dconf.
2) Navegue até org - mate - marco - general
3) Clique duas vezes no layout dos botões .
4) Altere os valores para lá, por exemplo, remova a entrada menu de lá, mas mantenha dois pontos. Caso contrário, seus butttons de menu irão para a esquerda.