Com base no que você descreveu, por exemplo
os diretórios são definidos com permissão do proprietário para
rwxe o grupo érw
se isso tiver sido aplicado ao diretório /var/www/html e tudo abaixo dele, o usuário do sftp não poderá cd em nenhum dos diretórios, pois eles pertencem ao grupo www-data , que tem apenas rw de permissões.
Tente dar as permissões www-data group rwx .
sudo chmod -vR 775 /var/www/html