NodeJS e NPM não são representativos de pacotes típicos.
O nó JS usa o sistema de versões semânticas para identificar lançamentos.
Sob este sistema, o 0
"maior" número em 0.10.29 indica que é um novo projeto que está passando por uma rápida taxa de desenvolvimento, ou seja, da versão semântica docs
A versão principal zero (0.y.z) é para o desenvolvimento inicial. Qualquer coisa pode mudar a qualquer momento. A API pública não deve ser considerada estável.
A versão do NodeJS 0.10.29 foi lançada em meados do ano passado e por isso não é tão antiga em termos de tempo , embora no caso deste pacote em particular, um monte de mudanças ocorreram nesse período, então por esse motivo eu uso um PPA para instalar versões mais novas do nó e do NPM - mas não é preciso dizer que os pacotes do Ubuntu raramente são atualizados com base no que você vi com o NodeJs.
Dependendo de como você deseja ser "vanguardista", você pode achar que os repositórios oficiais do Ubuntu não têm as versões mais recentes dos programas que você quer, é tipicamente trivial encontrar pacotes de hospedagem PPA com uma versão mais nova, e se você está disposto a fazer o trabalho e lidar com as dificuldades técnicas. Os pacotes de código aberto podem ser compilados e instalados a partir do código-fonte.