Você diz que depois de fazer isso no terminal, você é capaz de compilar o código Fortran:
source /opt/intel/parallel_studio_xe_2016.1.056/compilers_and_libraries_2016/linux/bin/ifortvars.sh intel64
Portanto, adicione-o ao seu arquivo .bashrc
. Depois disso, quando você abrir um novo terminal, poderá compilar.