.desktop e o atalho Ctrl-Alt-T todos iniciam x-terminal-emulator , que é um link simbólico para /etc/alternatives/x-terminal-emulator , que por sua vez é um link simbólico para /usr/bin/gnome-terminal.wrapper . Em suma, gnome-terminal aka Terminal é o emulador de terminal padrão no Ubuntu.
Se você quiser usar xterm para apenas um .desktop , siga a sugestão de muru nos comentários e use use
Exec=xterm -e /path/to/script.sh
Se você quiser alterar globalmente o terminal que o sistema inicia por padrão, execute
sudo update-alternatives --config x-terminal-emulator