Ok, eu achei.
Instale gksu
sudo apt-get install gksu
Em seguida, execute o programa usando gksu
e não sudo
command
gksu pidgin
Explicação:
Com base em Página de documentação do Ubuntu :
Você nunca deve usar o sudo normal para iniciar aplicativos gráficos como raiz. Você deve usar o gksudo (kdesudo no Kubuntu) para rodar programas. gksudo define HOME = ~ root e copia .Xauthority para um tmp diretório. Isso impede que os arquivos em seu diretório pessoal se tornem propriedade por raiz. (AFAICT, isso é tudo que é especial sobre o meio ambiente do processo iniciado com gksudo vs. sudo).
Portanto, gksu
é basicamente uma interface gráfica para o sudo que permite que o comando gráfico seja executado sem a necessidade de executar um emulador de terminal X e usar o su diretamente
Referência: Esta questão