Parece que você precisa do sistema de arquivos para navegar pelo diretório antes de iniciar o script de inicialização, então use como
start on local-filesystems
ou Se o seu jar precisa de rede deve estar funcionando no momento de iniciar ou executar a tarefa de inicialização, em seguida, use como
start on (local-filesystems and net-device-up IFACE!=lo)
ou
start on (local-filesystem and started networking)
em vez de
start on runlevel [2345]
e melhor usar como:
java -Xmx2048M -Xms2048M -jar /home/minecraft/minecraft_server.jar nogui
ou
cd /home/minecraft && java -Xmx2048M -Xms2048M -jar minecraft_server.jar nogui
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