Eu tentei o F-lux antes de mover o Redshift e encontrei minhas configurações. Você pode editá-los em gconf-editor ou manipulá-los com gconftool :
$ gconftool --all-entries /apps/fluxgui
latitude = 50.9848
autostart = 1
longitude = 11.0299
colortemp = 1
$ gconftool --get /apps/fluxgui/latitude
50.9848
Você pode remover uma chave específica do terminal com --unset ou desmarcar todas as chaves com --recursive-unset , o que deve impedir sua execução ou permitir que você altere a configuração por meio da GUI. Mais parâmetros na página de manual .
Eu também olhei para o pacote e descobri que xflux é, similar ao que foi levantado novamente em recentes notícias sobre o F.lux em outras plataformas, fornecido apenas como um binário compilado no pacote fonte (é de código fechado). Recomendo que você mude para o Redshift , que recebeu muitos aprimoramentos nas versões recentes e oferece suporte a vários monitores.