Meu palpite é que o vmdk é esparso ou compactado. O Qcow2 também suporta imagens esparsas.
Você pode tentar refinar o argumento -s (tamanho esparso) para ver se é a dispersão.
Você também pode tentar montar e defragging a nova imagem qcow2 e reconverter para tentar colocar todo o espaço vazio de volta para trás e preenchê-lo com zeros como recomendado aqui , portanto, o parâmetro sparseness não é um problema, se for um sistema de arquivos que suporte esse tipo de coisa.
Apenas algumas opções