Para evitar qualquer alteração dentro do EOS que possa conflitar com o Ubuntu, o melhor método é reinstalá-lo. Isso se aplica basicamente a todas as alterações que você deseja fazer entre dois sistemas operacionais diferentes, a menos que haja uma maneira clara de alternar.
Faça backup de seus dados pessoais. Você poderia fazer backup de algumas configurações exportando-as. Como favoritos de navegadores, se você não usar uma sincronização on-line. Todas as outras configurações eu não me incomodaria e apenas reiniciar do Ubuntu.
Mas! quando você fez isso, não há nada que o impeça de tentar. Este é o comando para instalar um desktop Ubuntu
sudo apt-get install ubuntu-desktop
Se funcionar, você pode pegá-lo no login e ver se funciona como esperado.
E ...
sudo apt-get purge elementary-desktop
deve remover a área de trabalho elementar (ou panteão).
E a melhor ideia é mudar para o Ubuntu?
Essa é uma pergunta pessoal que só você pode responder.
É diferente, exceto GUI.
A GUI é a principal diferença.