O uso dos repositórios oficiais é garantir que o software que você está instalando seja testado e configurado como deveria, a fim de funcionar como deveria. Isso não significa que você não pode ou não deve usar vários ppa's TESTED. A maioria deles é muito boa de usar e eles são muito seguros.
apt-get
instala software usando os repositórios ou ppa como fontes. Isso também garante que sempre que novas versões aparecerem nessas fontes, sua cópia também será atualizada durante o processo de atualização.
A compilação a partir da fonte deve ser sua escolha apenas nos casos em que o software que você precisa não existe como um pacote pré-compilado nas fontes mencionadas acima ou as versões pré-compiladas estão desatualizadas e as novas não existem. A compilação a partir da fonte faz com que você e somente você seja responsável por esse software, e você deve verificar possíveis atualizações para esse software manualmente.
Você também deve saber que, para poder compilar a partir do código-fonte, muitos outros pacotes terão que ser instalados em seu sistema, para o compilador encontrá-los e criar a versão compilada.