Eu tive os mesmos sintomas acima.
O Nautilus não abriria como meu próprio usuário. O Nautilus abriria bem usando o gksudo nautilus.
Eu abri um terminal para ser executado como meu próprio usuário e recebi mensagens de erro muito semelhantes às descritas acima.
Este link resolveu o problema para mim:
O Nautilus não se abre, mostrando o erro de GLib
Aqui está a essência do problema:
- Alguns processos do nautilus ainda estavam sendo executados e precisavam ser eliminados.
A solução vinculada descreve como encontrar os IDs do processo e eliminá-los.
Depois disso, estou bem - não é necessário reiniciar nem nada.