Crie um arquivo: /etc/apt/apt.conf.d/99proxy
e neste arquivo insira o seguinte:
Acquire::http::Proxy {
your.local.repository DIRECT;
};
Isto diz ao apt para usar uma conexão direta (portanto, não via proxy) para acessar seu repositório local.
Altere your.local.repository
para o local correto do seu repositório local.