Eu entendo que você não quer usar abas para comparar os projetos, de qualquer forma eu recomendo que se você usar o Eclipse dos repositórios do Ubuntu - que são muito desatualizados - para baixar uma versão atualizada do site oficial < a href="https://www.eclipse.org/downloads/"> link
Para o lançamento do Mars, existe um Instalador do Eclipse útil ou apenas faça o download e extraia o pacote que você precisa.
Para começar, abra o arquivo "eclipse" dentro da pasta extraída. Abrir esse arquivo novamente fornece outra instância do Eclipse. Você pode arrastar o ícone para a barra de ferramentas Unity para facilitar o acesso. Geralmente, a execução de mais de uma instância é apenas um problema se a mesma área de trabalho estiver sendo usada, porque, ao salvar as modificações, uma instância interferiria na outra. Então, se você quiser comparar dois projetos diferentes em duas instâncias do Eclipse, basta tê-los em espaços de trabalho diferentes. Você pode copiar rapidamente um espaço de trabalho no mesmo diretório, chamá-lo de espaço de trabalho2 e abrir a outra instância usando o workspace2.
Quando estiver jogando até obter a configuração necessária, um backup de sua (s) área (s) de trabalho não é uma má ideia