Após uma boa conversa, acredito que foi o diretório raiz que você perdeu para fazer o upload.
A partir do Ubuntu 14.04, o padrão /var/www/html
e não para /var/www
como um simples cat o arquivo de configuração será exibido.
cat /etc/apache/site-available/000-default.conf
Espero que tenha ajudado!