Você ou um script corrompeu o arquivo de configuração /etc/squid3/squid.conf
. Isso faz com que o squid3 falhe ao iniciar. Então, o squid3 é tratado como não instalado corretamente pelo sistema de empacotamento, e você é informado sobre isso toda vez que aplica atualizações.
Se você não instalou o squid3 diretamente, talvez algum pacote ou outro programa que exija isso.
Como @muru disse, se você não precisa, você pode remover o pacote. Como o squid3 não está sendo executado corretamente no seu sistema, você não deve perder nada.