Respondendo a minha própria pergunta: O problema realmente não tem nada a ver com a libtool (embora tenha sido revelado ao criar pacotes que usavam libtool). Eu tinha atualizado gcc e g ++ para 4.8, mas o cpp ainda estava em 4.6.3. Depois de instalar o cpp-4.8, o problema é resolvido.
Apenas para o registro, o seguinte deve funcionar bem para atualizar o gcc para 4.8 no Ubuntu 12.04:
$ sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-toolchain-r/test
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install gcc-4.8 g++-4.8 cpp-4.8
$ sudo update-alternatives --install /usr/bin/cpp cpp /usr/bin/cpp-4.8 100 \
--slave /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-4.8 \
--slave /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-4.8