Após algumas pesquisas, parece que o Unity em 13.10 tem sérios problemas se o Cinnamon 2.0 estiver instalado. Ainda não tenho uma resposta completa, mas pelo menos tenho mais algumas coisas para experimentar agora.
OK, encontrei uma resposta! Infelizmente, isso significa remover completamente a canela, mas até que ela não atrapalhe a união, vou ter que esperar.
sudo apt-get install ppa-purge
sudo apt-get purge --auto-remove cinnamon
sudo apt-get autoremove
sudo apt-get update -f
sudo apt-get dist-upgrade
sudo apt-get install ubuntu-desktop
sudo apt-get remove .*cinnamon.*
sudo apt-get remove .*nemo.*
Reinicialize e tudo deve estar funcionando! É provável que nem todas essas etapas sejam necessárias, mas foi o que fiz para resolver o problema.