Eu vi exatamente este mesmo problema surgir no nosso servidor Ubuntu. Você está exatamente correto. A resposta está no Samba. Essa mensagem em particular parece estar sendo impressa porque o nível de depuração do Samba está muito alto. Como o Samba se integra com pam para autenticação, ele é exibido em sudo e su prompts, pois eles também usam pam para autenticar.
A linha relevante em smb.conf é:
debug level = n
em que n é um número de 0 a 10 . Se você estiver usando o Webmin, está em diversas opções. (Edit: foi chamado log level no meu smb.conf).
Tivemos nossa depuração configurada como 3 quando testamos hoje. A configuração de volta para 0 resolveu o problema.
Fiz alguns testes, e o máximo que a depuração pode ser sem ver a mensagem parece ser 2
Além disso, encontrei o mesmo problema com o Google. Esta questão foi o único resultado de pesquisa relevante que encontrei.