Eu não tenho acompanhado muito de perto o desenvolvimento do GIMP, mas parece que na última versão de desenvolvimento, 2.7.1, "não é possível iniciar no modo de janela única ainda" ( 2.7.1 notas da versão ). Eu acho que é possível ativá-lo depois de começar embora.
Existe um tutorial sobre como fazer Geek explicando como instalar o 2.7.1 a partir de um PPA e ativar o modo de janela única.
Um resumo de como adicionar o PPA e atualizar o Gimp:
sudo add-apt-repository ppa:matthaeus123/mrw-gimp-svn
sudo apt-get update
sudo apt-get install gimp