Existe um programa que irá ajudá-lo a determinar o que está reduzindo seus tempos de inicialização. É o bootchart - link
Para instalar
sudo apt-get install bootchart
Depois de instalar e depois reiniciar, você pode encontrar o gráfico aqui
/var/log/bootchart
Depois disso, você provavelmente poderá corrigir seu problema ou postar mais informações para que possamos ajudar.
Você também pode usar outro programa para ver o gráfico aqui
pybootchartgui