Não use o MBR em um disco com mais de 2 ^ 32 setores (2TiB, assumindo setores lógicos de 512 bytes)!
O MBR usa ponteiros de setor de 32 bits, então qualquer coisa com mais de 2 ^ 32 setores é simplesmente incompatível com o MBR - ou pelo menos, o MBR chega a 2 ^ 32 setores, então você não será capaz de usar o capacidade total do disco, como você descobriu. Existem soluções alternativas que podem ser usadas para obter até duas vezes essa capacidade, mas não são confiáveis, especialmente se o disco for usado em vários sistemas operacionais. (Como uma nota lateral, você parece estar confundindo TB e TiB; eles não são os mesmos. Veja esta página para detalhes. )
Em vez disso, use a Tabela de Partições GUID para particionar o disco. Você pode fazer isso com o fdisk da GPT ( gdisk , sgdisk ou cgdisk ) ou com a maioria das ferramentas baseadas na libparted ( parted , GParted e outras). Versões recentes de fdisk também suportam GPT, mas o Ubuntu 14.04 ainda não fornece essa versão. (Acho que um dos últimos lançamentos não-LTS funciona, mas não me lembro de quando foi introduzido, nos termos da versão do Ubuntu.) O fdisk da GPT é uma ferramenta específica da GPT modelada a partir de fdisk e usa a GPT por padrão . Os outros exigem comandos explícitos para usar o GPT em vez do MBR.
Se você planeja inicializar a partir do disco, você deve alternar do modo BIOS para a inicialização no modo EFI (se o seu computador suportar) ou adicionar um Partição de Inicialização do BIOS no disco. A primeira abordagem também exigirá uma partição do sistema EFI (ESP). A mudança para o modo de inicialização EFI é preferível, se o seu computador suporta essa opção. Se você não estiver inicializando a partir do disco, não precisa se preocupar com isso; apenas particione e use como achar melhor.