Eu tive o mesmo problema no Ubuntu 16.04.
Eu acho que ao instalar o parcellite criou automaticamente a entrada Startup Applications, que simplesmente iniciou o parcellite. Então, basicamente, estava em execução (vi um processo no System Monitor), mas não estava funcionando: ou seja, nenhum ícone no painel e os atalhos de teclado não funcionavam.
A partir do terminal funcionou diretamente. Mas a partir do shell sh não foi. Alguém tem uma ideia do porquê?
De qualquer forma. A maneira como eu "consertei" isso é iniciar o comando parcellite no bash shell: aqui está o comando que eu usei no Startup Application:
bash -c "parcellite &"