Em um prompt de linha de comando, use o comando copy. Você precisa do caminho para o seu dispositivo USB.
Sintaxe
cp source destination
cp dir1 dir2
cp -option source destination
cp -option1 -option2 source destination
Da sua pergunta, você quer
cp -r /home/username/Documents /usb_backup_destination
cp -r /home/username/Downloads /usb_backup_destination
e assim por diante, para cada diretório que você deseja copiar.
Se você precisar encontrar o caminho para seu dispositivo de backup USB, execute
sudo blkid
A saída para o seu dispositivo será listada depois que todos os discos rígidos começarem normalmente com sdb
/dev/sdb1: UUID="36C9-BC77" TYPE="vfat" PARTUUID="e10284e8-01"
com uma linha para cada partição. O UUID, sem aspas, será necessário para identificar o destino do seu comando de cópia. Seu destino geralmente é montado como:
/media/<your_username/<your_sbd>
Então, o seu comando de cópia deve ficar assim.
cp -r ~/Downloads /media/<your_username>/device_UUID