Pode ser que você tenha colocado o arquivo colorscheme apenas para o root (que eu acho que normalmente reside em /root/.vim/colors
).
Você pode tentar copiar o esquema de cores de lá para ~/.vim/colors/
(ou seja, o diretório pessoal do usuário) e, em seguida, ver se funciona.
Além disso, há um site de perguntas e respostas dedicado ao vi e vim , então dê uma olhada em link