Seu alias pode ser chamado de normal
alias: ele substitui o comando no início da linha de comando, mas não no meio dele. Para criar global
alias você precisa mudar seu shell de bash para zsh. Consulte a comparação de shells para obter mais informações.
Se você ainda quiser trabalhar com o bash, provavelmente não precisará de um alias. Você precisa ajustar a variável PATH, onde o shell procura por executáveis. Se você fizer algo como
export PATH=/home/MyUSERNAME/liggghts/src/:$PATH
você poderá executar lmp_fedora
sem nenhum alias. Acho que envolvê-lo com mpirun
também funcionará, mas não posso testá-lo.