Sim, se você instalar algo através do sistema de gerenciamento de pacotes (dpkg e apt), quando você apt upgrade ou apt dist-upgrade verificará todas as suas fontes definidas localmente (PPAs, repositórios oficiais, caches locais, CDs etc) e tente instalar a versão mais recente de todos os pacotes.
apt upgrade só atualizará algo se não precisar instalar pacotes extras ou remover alguns. Apenas apt dist-upgrade (ou o mais recente apt full-upgrade ) fará isso.
Se você quiser evitar isso, você pode "fixar" o pacote para evitar atualizações.
Se você instalá-lo através de outro método (por exemplo, sudo make install ), a menos que você também tenha instalado via gerenciamento de pacotes (seriamente não recomendado), dist- upgrade irá sobrescrever ou instalar ao lado.
As coisas que você instala manualmente tendem a entrar nos diretórios .../local/... ou /opt/... para evitar conflitos diretos, mas isso pode significar que você tem mais de uma versão de algo instalado de uma só vez.