Você pode adicionar temas CSS ao diretório:
/usr/share/notepadqq/editor/libs/codemirror/theme
Todos os temas são armazenados lá (exceto o Deafult, que pode ser encontrado em /usr/share/notepadqq/editor/libs/codemirror/lib/codemirror.css
). A sintaxe parece relativamente simples se você quiser criar a sua própria.
Se alguém sabe onde eu posso encontrar uma réplica do 'Tema Padrão' do Notepad ++, eu ficaria eternamente grato: D