O ECS é um serviço relativamente novo, talvez a versão que o apt-get nos oferece ainda não tenha essa opção. Depois do apt-get instalar o awscli no ubuntu, a versão é 1.2.9, enquanto a que eu baixei do site para a minha máquina é 1.7.36 .....
O comando aws ecs funciona no meu prompt de comando depois que eu baixei manualmente o AWS cli, então está definitivamente lá, mas não nesta versão.