De um modo geral, o malware pode afetar o Ubuntu.
Mas no sistema de dual boot não há como esse tipo de malware sair do Windows para o Ubuntu.
Estes sistemas não compartilham arquivos executáveis. E o malware do Windows não pode afetar os sistemas Linux, se não for usado no vinho.
Mas você pode obter diretamente um complemento malicioso para o Firefox no Ubuntu.