A maioria dos diretórios contém 'arquivos de sistema', exceto aqueles em /home/ . No entanto, como você diz que seu diretório inicial está na mesma partição, você perderia esses dados se continuasse.
Ao instalar o Ubuntu, você tem a opção de ter uma partição para todos os diretórios ou montar diferentes partições para diretórios específicos.
Uma configuração pode ter /, / bin, / home, etc em uma partição, enquanto outra configuração pode ter /, / bin, etc em uma partição, com / home em outra partição. O benefício da segunda configuração é que você pode reinstalar o linux root (/) sem tocar em seu diretório home (/ home).
No entanto, como você tem a primeira configuração, nessa situação, você excluiria todos os dados dessa partição, o que inclui seu diretório pessoal.
Se você tiver um LiveCD, você pode montar sua unidade e mover qualquer dado para outro HDD. Ao instalar o Ubuntu, certifique-se de usar a segunda configuração para evitar isso no futuro. Outra opção seria colocar seu HDD em outra máquina Linux, montar o HDD e retirar os dados.
Exemplo:
Eu tenho um SSD (/ dev / sda) e HDD (/ dev / sdb). Quando eu instalo o Ubuntu, eu seleciono para criar uma partição ext4 em todo o SDD. Eu também criar uma partição ext4 no disco rígido. Em seguida, digo ao Ubuntu para usar o SSD como a partição raiz (/) e diga-o para usar o HDD como a partição home (/ home).
Amanhã eu acidentalmente rodei um comando ruim que não colocarei aqui (digamos que acabei de remover todos os arquivos em / bin /). Eu posso então carregar um CD do Ubuntu, formatar a partição SSD (/ dev / sda1), apontar para o meu disco rígido para casa ( sem formatação ). Depois que ele for instalado, eu estarei em uma nova instalação do Ubuntu com todos os meus dados em casa.