Não.
Quando você transforma seu servidor Ubuntu em um firewall / roteador, ele se torna um firewall completo que protege toda a sua LAN (Rede Local) da WAN (Wide Area Network) ou da Internet em geral. A qualidade dessa proteção depende de quão bom e completo é o conjunto de regras do iptables.
Agora, e se eu entendi corretamente, você está perguntando se o seu firewall / roteador do servidor Ubuntu pode ser usado para evitar, de alguma forma, que dois computadores em sua LAN se comuniquem uns com os outros. Não. Pelo menos em uma LAN típica, esses dois computadores não precisam envolver o servidor quando se comunicam entre si.