Conhece os aplicativos pelo arquivo .desktop . Ele pesquisa os caminhos de arquivos padrão da área de trabalho - /usr/share/applications e ~/.local/share/applications geralmente são os dois principais, mas há outros. Para que um aplicativo apareça em Do, é necessário um arquivo .desktop em algum lugar nos caminhos padrão da área de trabalho.
Acontece que esta resposta é sobre como criar um arquivo .desktop para o matlab. :)