Não. "tasksel" usará os locais pré-definidos para arquivos para instalação. Qualquer método de instalação no Ubuntu para instalar uma área de trabalho completa estará no local padrão, a menos que você queira instalá-lo compilando tudo sozinho.
Existem algumas alternativas mais fáceis.
Se você tem 2 pen drives, você pode baixar o ISO para 1 stick e instalá-lo no outro usando o "criador de disco de inicialização".
Ou crie 2 partições no pen drive USB (1 grande o suficiente para armazenar o ISO) e então instale na 2ª partição (veja Live USB em um drive USB de 2 partições )