Acho que você está tendo vários problemas de uma só vez com as instalações de origem.
update-alternatives
não permitirá que você defina qualquer programa como um aplicativo preferido para um determinado nome. O programa terá que ser registrado primeiro com a opção --install
. Por exemplo:
sudo update-alternatives --set editor /home/peter/bin/foo
update-alternatives: error: alternative /home/peter/bin/foo for editor not registered, not setting.
Se você quiser ver como o registro é feito, verifique por exemplo /var/lib/dpkg/info/nano.postinst
.
Note, no entanto, que seria bastante falso definir uma alternativa para todo o sistema que aponte para o diretório pessoal de algum usuário. Geralmente, há variáveis de ambiente ou outras configurações para definir uma preferência apenas para um usuário.
O problema com o arquivo da área de trabalho é provavelmente completamente separado, mas você precisará fornecer mais detalhes sobre exatamente quais caminhos você usou.
Em geral, a instalação de um aplicativo a partir do código-fonte pode ser bem difícil de se integrar bem com o restante do sistema, dependendo do aplicativo específico.