setup.py é o arquivo que irá lidar com a instalação dos seus pacotes. você o executa prefixando-o com o comando python e passando install como um parâmetro, portanto, o "python setup.py install".
.pyc é o bytecode compilado do seu código python (para execução mais rápida). Então, se você está movendo seu código, sugiro que pegue os arquivos .py e remova o antigo .pyc da pasta antiga, pois eles serão regenerados depois.